Keprihatinan Baidi Bukhori terhadap konflik mahasiswa antar umat beragama telah membawanya menjadi Doktor Universitas Gadjah Mada ke-2018 dengan predikat sangat memuaskan (31/07/2013). Baidi berhasil mempertahankan disertasinya yang berjudul “Model toleransi mahasiswa Muslim terhadap umat Kristiani”. Subandi, Ph.D tampil sebagai ketua tim penguji. Selanjutnya Prof. Dr. Bimo Walgito sebagai promotor, didampingi ko-promotor Prof. Dr. Asmadi Alsa dan Prof. Dr. Ibnu Hadjar. Anggota tim penguji lainnya, Prof. Dr. Sartini Nuryoto, Prof. Djamaludin Ancok, Ph.D., Prof. Dr. sutrisno, dan Dr. Ratna Wulan.
Dosen Fakultas Dakwah dan Komunikasi IAIN Walisongo Semarang ini secara acak mengambil subjek penelitian mahasiswa muslim program sarjana strata satu angkatan 2010 pada Universitas Diponegoro, Universitas Negeri Semarang, dan IAIN Walisongo. Jumlah keseluruhan sampel penelitian sebanyak 387 mahasiswa.
Hasil penelitian menunjukkan adanya kecenderungan mahasiswa muslim memandang muslim lain sebagai bagian dalam kelompok agama mereka dan non muslim di luar kelompok. Temuan lain menyatakan mahasiswa yang memiliki fundamentalisme agama tinggi cenderung memiliki toleransi yang rendah terhadap umat Kristiani. Hal tersebut didasarkan pada penafsiran ayat-ayat alquran secara literal dan radikal. “Mereka akan menganggap kelompok mereka sendiri yang paling benar”, ujar Baidi di ruang auditorium Fakultas Psikologi UGM.
Pada akhir acara ujian terbuka, Baidi dihadapan audiensi memberi beberapa rekomendasi. Bagi civitas akademika, hendaknya mengadakan kegiatan yang memungkinkan mahasiswa dengan agama yang berbeda dapat bekerja sama, contoh bakti sosial dan perkemahan. Bagi pengembang kurikulum, hendaknya mendesain model pendidikan agama Islam yang menitikberatkan pada pentingnya menjaga keseimbangan hubungan baik antara manusia dengan Allah dan antar sesama manusia.